L'histoire débute sur Kashyyyk, la planète des Wookies. Dark Vador apprend que les Wookies cachent un chevalier Jedi, Kento Marek. Vador se rend en personne sur la planète pour trouver ce Jedi. Cette première mission est en réalité un didacticiel qui permettra au joueur de se familiariser aux commandes du jeu. Lorsque Vador trouve le Jedi, c'est le premier ennemi que le joueur affrontera. Vador en vient donc logiquement à vaincre ce Jedi. Mais avant de porter le coup de grâce, le sabre laser du Seigneur Sith lui est retiré de sa main par la Force. Vador se retourne et voit un jeune garçon, qui n'est autre que le fils de Kento Marek. Le Seigneur Noir sent la Force émaner du petit garçon... À ce moment là, Dark Vador sent que le potentiel du jeune garçon peut être exploité, c'est alors qu'il tue les impériaux qui arrivent sur les lieux et prend l'enfant sous son aile...

On retrouve l'enfant quelques années plus tard. Il est devenu un jeune homme et durant ces années passées avec son nouveau Maître, il a appris l'art qu'est le côté Obscur de la Force. Son maniement du sabre laser sert à se défendre ou blesser, mais pas à tuer : ses pouvoirs psychiques ont cette fonction. Mais ce fut un entraînement très dur, notamment en raison du droïde PROXY, chargé de servir l'apprenti, mais aussi de le défier régulièrement afin de le tuer. Cependant, Dark Vador décide de mettre à l'épreuve son jeune apprenti et lui donne pour mission d'éliminer Rahm Kota, un survivant Jedi à l'ordre 66 qui s'était emparé d'une usine de vaisseaux TIE de l'Empire Galactique, en orbite autour de la planète Nar Shaada. Lorsqu'il arrive à son vaisseau, il découvre que son pilote est une jeune femme et est troublé. Après avoir fait connaissance avec celle-ci, nommée Juno Eclipse, Starkiller se rend à l'usine de chasseurs